Cowperthwaite maakt al twaalf jaar lang documentaires. Ze werkt voornamelijk voor zenders als ESPN, Discovery Channel, Animal Planet en National Geographic. Ze komt in de spotslights te staan met haar documentaire Blackfish. Hiermee wint ze een award op het gerenommeerde Sundance Film Festival.

Blackfish gaat over de gevangenschap van orka's en zal in 2013 in Nederland gaan draaien.