De film speelt zich af na de Tweede Wereldoorlog waar de intellectuele man Lancaster Dodd (Hoffman) een nieuwe religieuze organisatie opricht. Phoenix speelt de rol van de getraumatiseerde marinier Freddie Sutton, die na de oorlog verward thuiskomt en al snel de rechterhand wordt van Lancaster. Maar naar mate de organisatie populariteit begint te winnen, krijgt Sutton twijfels over de organisatie en de gedachten van zijn “meester”…